Tak dapat kita pungkiri, bahwa seiring berjalannya waktu, lembaga-lembaga pendidikan Islam juga mengalami berbagai dinamika. Tak hanya pada pesantren, bahkan madrasah dan perguruan tinggi Islam pun tak luput dari dinamika yang ada. Pesantren yang dulunya masih tradisional senyatanya mengalami beberapa perubahan dan perkembangan, seiring dengan perkembangan zaman, ilmu pengetahuan dan teknologi.
Pesantren yang dahulunya tradisional dalam pola pembelajaran dan muatan materi serta kurikulumnya, kini telah mengalami perkembangan dengan mengadaptasi beberapa teori-teori pendidikan yang dirasa bisa diterapkan di lingkungan pesantren. Alhasil, kini semakin banyak bermunculan pesantren modern, yang dalam pola pembelajarannya tidak lagi konvensional, tapi lebih modern dengan berbagai sentuhan manajemen pendidikan yang dinamis. Mayoritas pesantren dewasa ini juga memberikan materi dan muatan pendidikan umum. Tidak sedikit pesantren yang sekaligus memiliki lembaga sekolah dan manajemennya mengacu pada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Sedangkan dinamika sistem pendidikan madrasah dapat dicatat dari beberapa perubahan, seperti dimasukkannya mata pelajaran umum dalam kurikulumnya, meningkatkan kualitas guru dengan memperhatikan syarat kelayakan mengajar, membenahi manajemen pendidikannya melalui akreditasi yang diselenggarakan pemerintah, mengikuti ujian negara menurut jenjangnya. Tak pelak, bahwa dinamika pendidikan Islam, di samping kemadrasahan, juga muncul persekolahan yang lebih banyak mengadopsi model sekolah barat. Dan, kemunculannya itu antara lain dipicu oleh kebutuhan masyarakat muslim yang berminat mendapatkan pendidikan yang memudahkan memasuki lapangan kerja dalam lembaga pemerintahan maupun lembaga swasta yang mensyaratkan memiliki keterampilan tertentu, seperti teknik, perawat kesehatan, administrasi dan perbankan.
Pada perguruan tinggi Islam pun sejatinya mengalami berbagai perubahan dan perkembangan. Dinamika dalam pendidikan tinggi Islam ini salah satunya dapat diraba dari perubahan status dari Sekolah Tinggi menjadi Institut hingga kini menjadi Universitas. Dengan demikian, materi dan bahan pelajaran yang ditawarkan di perguruan tinggi Islam yang kini mayoritas menjadi Universitas, tidak hanya disiplin ilmu agama Islam saja, melainkan juga berbagai disiplin ilmu umum.
